结节病属于除外性诊断，尚无客观诊断标准，主要由临床医师根据临床表现、影像学特征、受累部位的病理活检结果（非干酪样坏死性上皮样细胞肉芽肿），结合病史、血清学检查、支气管镜检查等，除外其他原因引起的肉芽肿性疾病后，可确诊结节病。
简而言之，结节病的诊断主要依据：（1）具有相应的临床和（或）影像学特征；（2）组织学显示非干酪样坏死性上皮样细胞肉芽肿；（3）除外有相似的组织学或临床表现的其他疾病。
临床诊疗流程见图：
注：a包括血清血管紧张素酶水平测定、血淋巴细胞培养+干扰素释放试验（T-SPOT.TB）、IgG亚型测定，鉴于某些结节病患者可以合并多种自身免疫性疾病，对于有自身免疫性疾病提示的疑似结节病患者，建议查抗核抗体谱系列（包括抗核抗体、抗双链DNA、抗可提取核抗原系列、类风湿因子等）；
b包括支气管肺泡灌洗液细胞学分析、淋巴细胞亚群分析、经支气管镜肺活检，经支气管镜淋巴结穿刺活检（视患者的病情而定）；
c外科活检包括：（1）纵隔镜深部淋巴结活检，（2）胸腔镜下/胸外科手术下肺活检和（或）深部淋巴结活检，（3）皮下结节或浅表淋巴结活检
若无病理学依据，可以结合胸部影像学、支气管镜的相关检查结果，除外其他肉芽肿性疾病后，临床拟诊肺结节病，但需要密切临床随诊、动态观察病情变化。
鉴别诊断方面：不同分期的肺结节病临床及影像学表现不同，应根据其不同分期分别进行相应的鉴别诊断：
（1）Ⅰ、Ⅱ期结节病：需要与结核感染、淋巴增殖性疾病、IgG4相关性疾病、恶性肿瘤等鉴别；
（2）Ⅲ期结节病则需要与多种职业性肺病、肺结核等鉴别；
（3）Ⅳ期结节病需要与多种病因所致的肺纤维化鉴别，比如多种职业性肺纤维化、特发性肺纤维化、其他多种原因引起的继发性肺纤维化等。
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