在呼吸系统疾病中，支气管哮喘、慢性阻塞性肺疾病、急性呼吸窘迫综合症和特发性肺纤维化等，通常均以炎症细胞浸润、细胞因子释放、商品细胞受损以及气道重塑和肺组织纤维化等为特征。虽然在急性期，肺组织具有一定自我修复能力，但随着病程的反复迁延，相当一部分患者最终都会发生气道重构、肺组织结构破坏或纤维化，导致肺功能损害。
常规的药物治疗对气道和肺上皮细胞破坏性修复和肺纤维化逆转并无显著作用。目前发现间充质干细胞具有抗炎、改善肺气肿，抗细胞凋亡，具有一定的上皮修复作用。间充质干细胞的潜在治疗作用正在不断地被探索和发现，而干细胞临床安全性和有效性试验也正在进行中。
由于间充质干细胞的自我更新和多向分化功能，使其具备了组织修复和细胞再生的能力。而间充质干细胞的低免疫原性，使其逃避了免疫反应，是发货指令作用的重要基础。间充质干细胞在疾病中的治疗作用，涉及心、脑、肝、骨骼等全身各个重要脏器，在动物实验阶段已取得一定成果。肺组织具有结构特殊性，毛细血管床丰富，高容量、低阻力，间充质干细胞输入后易在费内发生滞留，因此也为间充质干细胞治疗呼吸系统疾病提供了有利条件。在呼吸系统疾病中，间充质干细胞的治疗作用已经在急性肺损伤、哮喘、慢性阻塞性肺疾病、肺癌、肺炎和特发性肺纤维化的疾病动物模型中得到了证明。
干细胞在呼吸系统疾病动物模型中的治疗已取得了一定的进展，干细胞治疗慢性阻塞性肺疾病的临床试验也正在如火如荼地开展中，慢性阻塞性肺疾病是目前