北京哪治疗白癜风好 https://wapyyk.39.net/bj/zhuanke/89ac7.html大家好，今天给大家带来一篇肺癌亚型研究的文章，能不能给大家带来一些思路和创新点呢？这是一篇十一月发表在《CancerCell》上的文章，可见现在癌症亚型研究多么的热门了，那么如何再一些癌症已有成熟的分子分型之后再次引入我们自己研究的分子分型呢？这篇文章将通过干湿结合的方法为研究人员带来思路。文章摘要小细胞肺癌(SCLC)是一种侵袭性恶性肿瘤，包括ASCL1、NEUROD1和POUF的差异表达所定义的亚型(分别为SCLC-A、-N和-P)。为了确定不同亚型肿瘤及其相关微环境的异质性，研究人员对1个人类标本中的个转录组进行了测序，其中包括个SCLC转录组。研究人员观察到SCLC比肺腺癌更丰富的肿瘤多样性，由典型亚型、中间亚型和混合亚型驱动。研究人员发现了一种plcg高的SCLC表型，具有茎样、前转移特征，在各个亚型中复发，并预测总体生存率较差。与肺腺癌相比，SCLC表现出更大的免疫隔离和更少的免疫浸润，而SCLC-N比SCLC-A表现出更少的免疫浸润和更大的T细胞功能障碍。研究人员在SCLC肿瘤中发现了一个促纤维化、免疫抑制的单核细胞/巨噬细胞群体，该群体与复发性、plcg高亚群特别相关。文章亮点1.大多数小细胞肺癌(SCLC)肿瘤共享一个小PLCG-high分组人口。.这种PLCG高的SCLC亚群与转移和不良预后有关。.SCLC亚群在促纤维化和免疫抑制的单核细胞/巨噬细胞中富集。4.髓样细胞的存在与PLCG高的SCLC亚群有关。背景知识FIG1根据关键转录调控因子的表达水平，可将小细胞肺癌可分为四种分子亚型：SCLC-A型（ASCL1高表达），SCLC-N型（NeuroD1高表达），SCLC-Y型（YAP1高表达）和SCLC-P型（POUF高表达），其中SCLC-A型和SCLC-N型属于神经内分泌肿瘤，见图1。结果发现SCLC肿瘤比LUAD更具异质性，并进一步研究SCLC亚型的肿瘤异质性FIGS1FIG1研究人员分析了来自1个新鲜SCLC临床样本的,个细胞的转录组(图S1A;)，以及4个LUAD和4个癌旁正常肺样本作为对照(图1A和S1B)。SCLC和LUAD队列包括治疗和未治疗的患者(图1B)。将所有scRNA-seq数据合并、归一化、批量校正和聚类以识别粗细胞类型，包括上皮细胞、间充质细胞、淋巴细胞和髓系细胞(图1A、S1B和S1C)。发现进一步聚类在上皮腔内的细胞包括呼吸上皮细胞(包括肺泡上皮细胞1型和型、纤毛细胞、神经内分泌细胞和簇状细胞)和肝转移细胞。14例SCLC样本的间充质干细胞靶向测序显示RB1和TP5频繁突变或缺失，CREBBP和KMTB反复发生突变(图S1D和S1E)。这一信息有助于鉴别含有特征变异转录本的癌细胞。研究人员检测到SCLC中CNV水平高于LUAD(图S1F)，这与先前验证的SCLC中较高的肿瘤突变负担一致。基于对细胞来源类型的研究，研究人员认为神经内分泌和肺泡上皮型样癌细胞簇分别代表SCLC和LUAD。根据细胞类型标注，研究人员在图谱中描述了肿瘤的异质性。在8个上皮细胞簇中(N=个细胞)，研究人员发现LUAD和SCLC如预期的那样分别聚集;5个LUAD簇包含4个肿瘤的个细胞，5个SCLC簇包含1个肿瘤的个细胞，与LUAD的高基质含量一致。为了量化SCLC患者间的异质性，研究人员计算了每个聚类患者的Shannonentropy。低Shannonentropy意味着群集表型很少在患者之间共享，即患者间异质性高。恶性SCLC细胞显示出明显高于LUAD细胞的患者间异质性(更低的Shannonentropy)(图1D)，即使只分析未治疗的样本(图1E)。研究人员观察到基质细胞和免疫细胞群体的表型多样性较低，这与样本间的批效应最小一致，肿瘤细胞与基质相比的多样性较高，这与之前的研究一致。研究人员的研究结果表明，尽管SCLC的组织学形态同质，但它具有高度的转录肿瘤异质性，超过LUAD和正常间质。接下来，研究人员考虑了数据集中的54,5个SCLC细胞，并在典型SCLC亚型中描述了细胞状态。SCLC亚型通常通过ASCL1、NEUROD1、POUF和YAP1的表达进行分类，但考虑到基因缺失的普遍存在，单基因策略对scRNA-seq是不可靠的。于是，研究人员开始质疑YAP1单独作为亚型标志物的价值。因此，研究人员使用了基于邻域图的方法，该方法利用多个基因来定义每个亚型的全部复杂性，来计算每个细胞给定SCLC亚型的概率(图1F)。研究人员确定最可能的子类型的每一个细胞(图1G)和使用这个分类每个样本的主要SCLC-A(N=14),SCLC-N(N=6),或SCLC-P(N=1)。但是这个分类没有识别出任何SCLC-Y肿瘤,符合YAP1在SCLC表达量最小。这一观察得到了典型转录因子的相对表达(图1H)、相应的MYC家族成员(图S1G)、以及匹配的免疫组化(IHC)(图S1H)的支持。与单基因表达或IHC不同，研究人员的策略可以对ASCL1和NEUROD1均高表达的病例(如Ru11，分类为SCLC-N)和两者均低表达的病例(如Ru19，由于NEUROD和NEUROD4的表达而分类为SCLC-N)进行分类。研究人员还鉴定了SCLC-A至SCLC-N表达谱的中间癌细胞，这些细胞可以提示过渡性或非典型表型，以及混合亚型和带有野生型TP5/RB1的非典型SCLC表型的肿瘤(图SA和SB)。SCLC-N表现为呈前转移的神经元和上皮-间质转化表型FIGSFIG为了更好地定义SCLC亚型在肿瘤进展中的作用，研究人员评估了不同亚型的细胞组成和基因表达差异(图SC)。研究人员
